Vegagerðin skiptist í miðstöð og fimm svæði.
Hvert svæði um sig annast framkvæmdir, viðhald og rekstur vegakerfisins og sér um að veita vegfarendum þjónustu innan svæðisins.
Suðursvæði sinnir viðhaldi og rekstri á Höfuðborgarsvæðinu.
Yfirstjórn tekur ákvarðanir um stefnu og stjórnun stofnunarinnar og þau atriði sem ganga þvert á starfsemi sviða, svæða og deilda. Yfirstjórn tekur ákvarðanir um rekstraráætlanir stofnunarinnar og afgreiðir erindi og verkefni sem Vegagerðinni berast eftir nánari ákvörðun forstjóra.
G. Pétur Matthíasson, forstöðumaður samskiptadeildar ritar fundargerð yfirstjórnar
Framkvæmdastjórnin tekur þátt í að móta stefnu og framtíðarsýn Vegagerðarinnar og tryggir að ákvarðanir yfirstjórnar og stjórnvalda komist í framkvæmd í allri starfsemi stofnunarinnar. Framkvæmdastjórn ber ábyrgð á samræmingu framkvæmda, viðhalds og þjónustu á landsvísu og fylgir eftir ákvörðunum um rekstur og starfsemi í gildandi vegáætlun.
G. Pétur Matthíasson, forstöðumaður samskiptadeildar er ritari framkvæmdastjórnar
Vegagerðin hefur aðsetur á átján stöðum á landinu öllu. Höfuðstöðvar Vegagerðarinnar eru í Garðabæ, Suðurhrauni 3. Svæðismiðstöðvar eru á fimm stöðum og þjónustustöðvar á 18 stöðum. Í Garðabæ og á Ísafirði eru auk þess vaktstöðvar og þjónustuver á Ísafirði.
Svæði Vegagerðarinnar eru Suðursvæði, Vestursvæði, Norðursvæði, Austursvæði og Höfuðborgarsvæði.
Svæðismiðstöðvar eru á Selfossi, í Garðabæ, í Borgarnesi, á Akureyri og á Reyðarfirði.
Hvert svæði fyrir sig annast framkvæmdir, viðhald og rekstur vegakerfisins og sér um að veita vegfarendum þjónustu innan svæðisins. Suðursvæði sinnir viðhaldi og rekstri á Höfuðborgarsvæðinu.