Vegagerðin á fjórar ferjur, Vestmannaeyjaferjuna Herjólf, Hríseyjarferjuna Sævar, Grímseyjarferjuna Sæfara og Breiðafjarðarferjuna Baldur.
Vegagerðin styrkir rekstur ferjuleiða að undangengnu útboði. Í útboðum á rekstri ferjuleiðanna eru ferjurnar boðnar til leigu.
Farþegum í ferjum fækkaði árið 2020 vegna heimsfaraldurs covid-19 en var þó fljótur að taka við sér aftur.