Að byggja höfn á útsettri sandströnd er ekki sjálfsagt mál. Af þeirri ástæðu hefur mest alla Íslandssöguna verið hafnleysi frá Höfn í Hornafirði allt vestur til Þorlákshafnar. Eigi að síður var ráðist í að byggja höfn á ströndinni gegnt Vestmannaeyjum til að bæta samgöngur milli lands og Eyja.
Ljóst er að tilkoma Landeyjahafnar hefur gjörbylt samgöngum við Vestmannaeyjar. Yfir sumartímann siglir Herjólfur allt að sjö sinnum á dag milli lands og Eyja en yfir vetrarmánuði er siglt sjaldnar en þar spilar veður og ölduhæð stórt hlutverk. Þegar dýpi í Landeyjahöfn minnkar er iðulega hægt að sigla á flóði, ef alda er undir 2,5 metrum.
Þegar ófært er í Landeyjahöfn og einnig þegar unnið er að dýpkun heyrist umræða á þeim nótum að höfnin sé ekki rétt hönnuð og byggð eða hún sé ekki rétt staðsett. Slíkar vangaveltur eru skiljanlegar þegar veturinn hefur verið erfiður og margir orðnir langþreyttir á ófærð eða slæmskuveðri sem valda því að siglingar falla niður.
Þegar horft er til staðsetningar hafnarinnar er mikilvægt að halda því til haga að staðsetningin var valin að loknum ítarlegum rannsóknum, sem meðal annars ná til skoðunar á öldufari, dýptarmælingum og sandburði. Ölduhæð er einnig lægst þar sem höfnin er, samkvæmt öldufarsreikningum sem byggðir eru á 60 ára langri tímaröð ölduspágagna. Við staðarvalið var einnig tekið tillit til þess að lega og hönnun hafnarinnar myndi ekki raska því jafnvægi nátttúrunnar sem þarna ríkir milli efnisburðar með ströndinni og gerðar og mótunar strandarinnar.
Þá var sérstaklega tekið til skoðunar að meðfram allri ströndinni er sandrif utan við ströndina á um 3-4 metra dýpi en beint fyrir framan Landeyjahöfn er það dýpra en annarstaðar. Þetta dýpi í rifinu og skjól sem Vestmannaeyjar veita fyrir suðvestan öldu ráða einnig miklu um staðsetningu hafnarinnar. Án þessa væri líklega ómögulegt að byggja höfn á Landeyjasandi.
Meðfram ströndinni færist sandur stöðugt til, bæði austur með og vestur um, eða allt eftir ölduátt. Höfnin þarf að ráða við sandflutning úr báðum þessum áttum og því er hún eins byggð, bæði að austan- og vestanverðu. Þá barst gríðarlega mikið efni niður með Markarfljóti í kjölfar eldgoss í Eyjafjallajökli, sem jók verulega það sandmagn sem barst í höfnina fyrstu árin eftir að hún var tekin í notkun. Er áætlað að það magn aurs sem barst með Markarfljóti sé allt að 20 milljón rúmmetrar.
Höfnin í Hanstholm í Danmörku hefur verið nefnd sem dæmi um hvernig höfnin í Landeyjum ætti að vera. Höfnin í Hanstholm er hönnuð af DHI (Danish Hydraulic Institute), sem eru sömu aðilar og hönnuðu form Landeyjahafnar. Sá grundvallarmunur á þessum tveimur höfnum er að sandflutningar fyrir utan Hanstholm eru ráðandi í eina átt, ólíkt Landeyjahöfn. Þess vegna er mögulegt að hafa annan hafnargarðinn í Hanstholm lengri en hinn, á meðan mannvirkin í Landeyjahöfn þurfa að vera samhverf til að sem mest að sandi berist fram hjá höfninni.
Að öllu samanlögðu þá er niðurstaðan nú sem fyrr. Landeyjahöfn verður ekki staðsett annarsstaðar en hún er og bygging misstórra hafnargarða mun draga mun meira af sandi inn í höfnina.
Áður en nýr Herjólfur kom til landsins árið 2019 voru þrír meginþættir sem komu í veg fyrir siglingar til Landeyjahafnar:
Eftir að nýr Herjólfur kom, þ.e. Herjólfur IV, stóðu eftir tveir þættir sem hafa áhrif á siglingu ferjunnar til Landeyjahafnar:
Stjórnhæfni Herjólfs IV er mun betri en eldra skipið var og því hefur straumurinn fyrir framan höfnina ekki sömu áhrif og áður. Einnig ristir skipið mun minna og getur því siglt á flóði að vetri til, þótt dýpi hafi minnkað.
Þegar Landeyjahöfn var byggð var vitað að ölduhæð er að jafnaði svo há í janúar og febrúar að það gæti haft áhrif á siglingar til hafnarinnar yfir þá mánuði. Þá var reiknað með að hægt væri að sigla til hafnarinnar þegar kennialda á öldudufli Landeyjahafnar væri undir 3,5 m en sá þröskuldur er í raun 3,0 m og stundum lægri ef dýpi er lítið, þröskuldurinn hefur þó farið hækkandi með aukinni reynslu þeirra sem stýra Herjólfi. Í janúar og febrúar er ölduhæðin að jafnaði yfir 3,0 m 40-50% tímans. Jafnframt eru suðvestanöldur ríkjandi á svæðinu, sem er sama stefna og stefna lægðarmiðjunnar þegar hún kemur upp að landinu úr suðvestri. Á nokkurra ára fresti verður breyting á þessari hegðun sem veldur því að ríkjandi öldustefna er úr austri. Í vetur hefur ríkjandi öldustefna verið úr austri sem veldur því að efni frá Markarfljóti veldur verulegri aukningu í sandflutningi inn á svæði Landeyjahafnar. Síðast gerðist þetta árið 2019.
Vegagerðin vinnur nú að rannsóknaráætlun með DHI um hvernig mögulegt er að leiða aurburðinn frá Landeyjahöfn þegar slíkar aðstæður koma upp. Gert er ráð fyrir að vinna við þá rannsókn hefjist á þessu ári. Einnig verður kannað nánar hvort hægt sé að hækka þann ölduhæðarþröskuld sem Herjólfur getur siglt til hafnarinnar með einhverjum aðgerðum án þess þó að raska náttúrulegum skilyrðum í höfninni.
Veturinn 2022-2023 voru 77% ferða Herjólfs farnar til Landeyjahafnar, 6% ferða voru farnar í Landeyjahöfn í hálfan dag og í 4,9% tilfella var siglt bæði til Landeyjahafnar og Þorlákshafnar sama daginn. Nýtingarhlutfallið það ár var svipað og var reiknað með þegar höfnin var byggð.
Það sem af er vetri 2023-2024 hefur verið siglt til Landeyjahafnar í um 70 % tilfella. 8% tímans var siglt til Landeyjahafnar hálfan dag og 7,6 prósent bæði til Landeyjahafnar og Þorlákshafnar sama daginn. Tölur frá febrúar, mars og apríl eiga eftir að bætast við fyrir árið 2024 en ljóst er að nýtingarhlutfallið til Landeyjahafnar mun verða mun lakara en árin á undan. Það skýrist nær eingöngu af ónógu dýpi eftir austan áttirnar.
Margt hefur áunnist á þeim tíma sem unnið hefur verið með Landeyjahöfn. Frá því hún opnaði og þar til núna hefur nýtingarhlutfallið aukist verulega með nýjum Herjólfi og aukinni reynslu í rekstri hafnarinnar. Vonir standa til að hægt verði að halda áfram að bæta höfnina, enda öllum ljóst hversu mikilvæg þessi samgöngubót er fyrir Vestmanneyinga og gesti þeirra.
Samkvæmt rannsóknum Ingibjargar Jónsdóttur hjá Háskóla Íslands á strandlínubreytingum á Suðurströnd Íslands, þar sem gömul kort, loftmyndir og gervihnattamyndir hafa verið færð inn í landfræðilegan gagnagrunn, eru strandlínubreytingar við Landeyjahöfn á síðustu árum um 200 m. Sjá myndir hér til hliðar.
Haustið 2000 samþykkti Alþingi tillögu um að samgönguráðherra feli Siglingastofnun Íslands að hefja rannsóknir á ferjuaðstöðu á Bakkafjöru. Fyrsta dýptarmælingin undan Bakkafjöru var gerð í október 2002. Síðan hefur verið dýptarmælt oft á ári. Öldudufl hefur verið úti af Surtsey samfellt síðan í september 1987. Öldumælingar við Bakkafjöru hófust í nóvember 2003 og er ölduduflið staðsett um tvo km vestan við innsiglingarlínuna á 28 m dýpi.